Friedrich Miescher ist in Walkringen geboren. Sein Vater, Johannes Miescher (1771-1846), betrieb neben der Landwirtschaft die Leinwandfabrikation und einen ausgedehnten Leinwandhandel. Nach seinen Studien im Gymnasium Biel und seinem Medizinstudium in Bern und Berlin, erhielt er den Doktortitel im Jahre 1836 und schon 1837, im Alter von 26 Jahren, wurde er zum ordentlichen Professor für gemeine Pathologie und pathologische Anatomie in Basel ernannt. Von 1844 bis 1850 integrierte er sich in der Universität Bern, aber nicht sehr zufrieden, kehrte er nach Basel zurück und übernahm seinen alten Sitz an der Universität. Im Jahr 1843 verheiratete er sich mit Charlotte Antonie His, Tochter von Eduard His (urspr. Ochs), Seidenbandfabrikant und Anna Catharina La Roche und anno 1867 erhielt er für sich und seine Söhne das basler Bürgerrecht “ehrenvoll” verliehen..
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